杜絕蟲源 危害木耳的害蟲有白蟻、谷蛾、長角谷盜，這些害蟲常常在倉庫縫隙、堆放的雜物處越冬。因此，在貯藏木耳前，應清除室內雜物和室外雜草，并用80%敵敵畏乳油進行空倉消毒，用量為0.2～0.3克/平方米，用紗布條浸藥液掛于室內，密閉2～3天后，再通風1天，即可將木耳入倉。最后在倉庫周圍撒石灰粉，防止室外害蟲進入室內。
防止受潮 木耳受潮后，極易導致蟲害。因此，進庫前必須干燥處理，使木耳含水量不超過12%，再裝入塑料袋或鋁罐中，密封后，置于襯有防潮紙的木箱或紙箱內。箱內可放入干燥劑(干木屑或生石灰等)。每隔10～15天檢查1次，若干燥劑已吸濕，應取出曬干或烘干后，再放入箱內，若木耳回潮，應及時取出干制。
及時殺蟲 如果木耳貯藏期間發現害蟲，應采取措施及時殺除。①將木耳在強光下曝曬1天或用烘干機在50℃條件下烘40分鐘即可殺滅害蟲;②密封倉庫20天以上可殺死全部害蟲;③將倉庫內的氧氣抽出后輸入氮，或向室內輸入二氧化碳，使室內含氧量降至2%，害蟲會因缺氧窒息而死。
閉倉熏蒸 在木耳貯藏期害蟲大量發生時，應采用熏蒸劑對倉庫密封熏蒸，此法短期內見效明顯。常用的熏蒸劑為磷化鋁，用量為6～9克/立方米，分散放于倉內，12℃以上密閉96小時，熏蒸結束后通風散氣10天以上。
